بخشهایی از این بنا به دورة خود شیخ صفی الدین (650ـ735)، عارف نامی ایرانی و فرزندان وی، شیخ صدرالدین موسی و خواجه علی سیاهپوش، میرسد. به نوشته منابع ، منزل و خانقاه شیخ صفی در همین مکان بود، و بنابر وصیّت خود او، جنازه اش را در اتاقی جنب خلوتخانه و باغچه و حوضخانه دفن کردند و بر قبر وی بنایی ساختند. از آن پس این مکان اهمیّت و قداست یافت و شماری از مشایخ و محارم خاندان صفوی و نیز شاه اسماعیل اول و گروهی از قربانیان جنگهای شیروان و چالدران در جوار مرقد شیخ دفن شدند.
